לעיתים ניתן למצוא בשתן של חתול קריסטלים. קריסטלים הם גבישים קטנים של מינרלים הנוצרים בשתן של החתול בעקבות ריכוז מינרלים גבוה בשתן. מקור המינרלים בשתן הוא על פי רוב במזון החתול ובאופן נדיר יותר מהפרעות מטבוליות.
הקריסטלים הנפוצים ביותר הם סרווייט וקלציום אוקסלאט.
גבישי הסטרוויט הם דמויי מלבן ונוטים להיווצר בסביבה בסיסית. לעומתם גבישי הקלציום אוסלאט נוצרים יותר בסביבה חומצית והם ריבועיים ועליהם צורה דמוית איקס. ניתן לאתר קריסטלים בשתן באמצעות בדיקת שתן פשוטה. הוטרינר יניח טיפה מהשתן תחת המיקרוסקופ ויבחן נוכחות קריסטלים. לרוב הקריסטלים מאובחנים רק כאשר נוצרות דלקת או חסימה בדרכי השתן.
על מנת למנוע היווצרות הקריסטלים יש לשמור על ריכוז נמוך של מינרלים בשתן. לשם כך יש לדאוג שהחתול שותה מספיק. יש לוודא כי לרשותו עומדים מים טריים כל הזמן ואם החתול אוהב לשתות מים זורמים ניתן לרכוש מזרקת מים לחתול.
במידה ואובחנו קריסטלים מסוג סטרוויט ניתן לנסות ולהמיסם באמצעות החמצת השתן (שכן הם נוצרים בסביבה בסיסית). החמצת השתן יכולה להתבצע באמצעות תרופה בשם מתיונין או באמצעות מזון ייחודי המיועד להחמצת השתן. קריסטלים מסוג קלציום אוקלסט אומנם נוצרים בסביבה חומצית אך אינם מתמוססים בסביבה בסיסית. במקרה של קאלציום אוקסלאט נדרש גם כן שינוי הזנה שיוביל לדילול המינרלים בשתן. קיימים גם סוגים נוספים של קריסטלים אך הם נדירים בהרבה.